Ученый совет музея является постоянно действующим коллегиальным, совещательным, научно-консультационным органом.
Ученый совет в своей деятельности руководствуется Законом Республики Казахстан от 15 декабря 2006 года № 207-III «О культуре» (с изменениями и дополнениями по состоянию на 29.09.2014 г.) и иными нормативными правовыми актами Республики Казахстан.
Ученый совет музея создан в целях: совершенствования научной деятельности государственного музея искусств; укрепления и расширения связей с научной, творческой и педагогической общественностью Казахстана и зарубежья. Ученый совет рассматривает:предложения по основным направлениям и проблемам научной деятельности; рукописи подготовленных к изданию работ научного (сборники трудов, материалы конференций, монографии, статьи и т.п.), научно-справочного и научно-популярного характера (каталоги, путеводители и т.п.) с выработкой заключений о целесообразности их публикации; изменения датировок, названий, фамилий авторов экспонатов на основе представленных результатов научно-исследовательской деятельности сотрудников.
Состав Ученого совета музея формируется из руководителей и ведущих научных сотрудников государственного музея, а также из представителей вышестоящей организации, представителей органов культуры, специалистов профильных музею научных организаций и высших учебных заведений по согласованию с ними.
Заседания Ученого совета музея проводятся по мере необходимости, но не реже одного раза в год.